la codeteca
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Permitir comentarios anidados

Para activar los comentarios anidados hay que añadir un código dentro del head de tu tema justo antes de wp_head. Este código se puede incorporar a functions.php, lo que ayuda a limpiar un poco la zona del head. Precisa que la función que incorpora jQuery esté ubicada por encima de esta dentro de functions.php
function enable_threaded_comments(){
    if (!is_admin()) {
        if (is_singular() AND comments_open() AND (get_option('thread_comments') == 1))
            wp_enqueue_script('comment-reply');
        }
}
add_action('get_header', 'enable_threaded_comments');

Fuente: http://digwp.com/2010/03/wordpress-functions-php-template-custom-functions/

Fuente: http://ayudawordpress.com/